si ya lo escaneaste y no revelo ningun codigo de falla(chek engine) entonces estamos hablando de un problema fuera del alcance de la computadora, el problema puede ser mas sencillo, revisa todas las mangueras de vacio conectadas al multiple de admision, si tu motor fue reparado lo mas probable es que algo se haya pasado por alto a la hora de armarlo, desde no conectar alguna de estas mangueras a conectarlas en algun lugar inapropiado, cuando tu presionas el freno, el buster se ayuda con el vacio que genera el motor para hacer el pedal mas liviano, checa si presionando el freno con el motor en marcha pero sin mover el auto, sufren variaciones considerables las rpm, si es asi puedes tener un problema de mangueras de vacio.
tambien, pregunta si la bomba de gasolina no fue removida, si es asi, puede haber quedado mal instalada, y cada ves que frenas se descarga. saludos..